Relation entre la lignée phylogénétique de Mycobacterium tuberculosis et le site clinique de la tuberculose

Voir le commentaire éditorial de Kato-Maeda et Nahid, pages 220-4Background Le génotypage de Mycobacterium tuberculosis a révélé 4 lignées phylogénétiques majeures à distribution différentielle dans le monde. On ne sait pas si différentes lignées sont associées à différents sites d’infection, par exemple tuberculose pulmonaire versus extrapulmonaire Nous avons cherché à déterminer si la lignée M tuberculosis est associée au site de la tuberculose. Méthodologie Nous avons réalisé une analyse transversale de tous les cas de tuberculose confirmés par la culture avec la lignée définie par le spoligotype M tuberculosis régulièrement déterminée et rapportée au US National Tuberculosis Surveillance System. 2004 à 2008 Les OR ont été utilisés pour évaluer la relation entre le site de la maladie et la lignée M tuberculosis, après ajustement pour l’âge, le sexe, le statut infectieux du virus de l’immunodéficience humaine, la région de naissance et la race / origine ethnique. 32000 593% étaient des cas de M tuberculosis qui incluaient des données complètes sur la lignée à partir de spoligotypes Parmi ceux-ci, 23844 745% étaient exclusivement pulmonaires, 5085 159% étaient extrapulmonaires et 3071 96% étaient pulmonaires et extrapulmonaires combinés. Les pourcentages de cas de tuberculose exclusivement extrapulmonaire différait par lignée: Asie de l’Est, 130%; Euro-Américain, 138%; Indo-océanique, 226%; et Indien de l’Afrique de l’Est, 343% Comparativement à la lignée est-asiatique, les probabilités de tuberculose exclusivement extrapulmonaire par rapport à la tuberculose exclusivement pulmonaire étaient plus élevées pour les OR ajustés euro-américains, 13; Intervalle de confiance à 95% [IC], 11-14, OR ajusté indo-océanique, 17; IC à 95%, 15-19 ans et RC ajusté en Inde de l’Est, 16; 95% IC, 14-19 lignéesConclusions La lignée phylogénétique de M tuberculosis est associée au site de la tuberculose

La tuberculose reste l’une des maladies infectieuses les plus répandues et mortelles dans le monde. Bien que la tuberculose provoque principalement des maladies touchant les poumons, elle peut avoir diverses manifestations et affecter de nombreux sites, notamment les ganglions lymphatiques, le système nerveux central, les os et le tractus gastro-intestinal. associée à une morbidité et à une mortalité élevées et nécessite un indice clinique élevé de suspicion pour le diagnostic [1, 2] Aux États-Unis, bien que l’incidence totale de la tuberculose diminue régulièrement, la proportion relative de cas extrapulmonaires est passée de 76 % en 1962 à 200% en 2006 [3, 4] Les facteurs de risque précédemment déclarés de maladie extrapulmonaire parmi les cas de tuberculose aux États-Unis comprennent le virus de l’immunodéficience humaine, le VIH, le sexe féminin, la race non blanche et les naissances étrangères. dans les régions de naissance [4-10] En revanche, les déterminants bactériens de la tuberculose Les connaissances extrapulmonaires et pulmonaires ne sont pas bien comprises L’attention se porte de plus en plus sur la compréhension des déterminants de la maladie clinique chez l’hôte et l’agent pathogène [11, 12, 13] La présence de 4 lignées de Mycobacterium tuberculosis et 2 de Mycobacterium africanum avec une distribution géographique différentielle dans le monde [14] La pertinence clinique de cette diversité génétique est inconnue [12, 13] Bien que des différences importantes aient été trouvées dans les modèles expérimentaux, la pertinence des différents sous-groupes génétiques de M tuberculosis Plusieurs études ont analysé l’association entre certaines lignées phylogénétiques et la tuberculose extrapulmonaire et la tuberculose pulmonaire, mais ont montré des résultats contradictoires et sont limitées par une taille relativement petite et une diversité phylogénétique [11- 13, 15-19] Routage L’utilisation de ce service, fourni par des laboratoires régionaux de référence, est accessible sur une base volontaire par tous les laboratoires de santé publique des États-Unis. Ce service utilise une unité répétitive mycobactérienne intercalée. répétitions en tandem à nombre variable MIRU-VNTRs et techniques de spoligotyping [20] Dans la plupart des cas, les informations spoligotypiques peuvent être utilisées pour classer les souches par lignée phylogénétique [21] En raison de la diversité des patients tuberculeux, avec plus de la moitié des États-Unis , l’ensemble de données sur la surveillance de la tuberculose fournit une riche source d’informations sur les souches et les hôtes pour l’analyse des différences associées aux caractéristiques cliniques [3, 20, 22] En utilisant des données nationales, nous présentons la première grande étude lignée génotypique de M tuberculose et site de la maladie, définie comme extrapulmonaire ou pulmonaire

Méthodes

Les données collectées régulièrement par le CDC sont liées aux données démographiques et cliniques sur les cas de tuberculose signalés dans le Système national de surveillance de la tuberculose des CDC pour les 50 États, le District de Columbia et Porto Rico [23] Le lignage a été assigné sur la base du spoligotype, en utilisant un ensemble de règles pour corréler le spoligotype avec les noms de lignées qui sont définis par les LSP de polymorphismes de grandes séquences [14, 24] Dans les cas qui ne satisfont pas aux exigences du lignage Le modèle MIRU-VNTR à 12 locus a été utilisé en plus du spoligotype pour attribuer la lignée. Les règles de spoligotype pour chaque lignée correspondaient à la première règle pour chaque lignée décrite par Kato-Maeda et al [24], basée sur la présence ou non de des séquences d’espaceurs spécifiques dans le locus de répétition direct, à savoir, Al-34 pour l’Asie de l’Est; Δ33-36 pour l’Euro-Américain; A29-32, A34 et présence de 33 pour Indo-Oceanic; et Δ4-7 et Δ23-34 pour les Indiens de l’Afrique de l’Est En outre, l’attribution de lignage sur la base du spoligotype seul exigeait la présence d’au moins 1 espaceur provenant des espaceurs 29-36 [21, 25] Dans les cas où cette exigence supplémentaire n’était pas satisfaite mais la règle spécifique à la lignée a été respectée, le modèle MIRU-VNTR à 12 locus a été comparé au modèle MIRU-VNTR de toutes les autres souches génotypées dans la base de données Si le modèle MIRU-VNTR correspondait au modèle MIRU-VNTR seulement des souches rencontrées les critères complets de spoligotype pour cette lignée particulière, alors que la lignée a été assignée; La population étudiée comprenait tous les cas de tuberculose de janvier 2004 à décembre 2008 avec un échantillon positif pour la culture provenant de n’importe quel site et avec la lignée assignée. Les cas étaient classés en fonction du site de la maladie: exclusivement pulmonaire, exclusivement extrapulmonaire et extrapulmonaire combinée. pulmonaire extrapulmonaire pulmonaire La race et l’origine ethnique ont été recueillies sur le formulaire Rapport de cas de tuberculose vérifié par auto-identification ou autodéclaration individuelle [23] Pour notre étude, les patients ont été regroupés par race / origine ethnique en Hispaniques et blancs non-hispaniques par exemple, blanc Noirs, non hispaniques Asiatiques noirs, asiatiques non-hispaniques Indiens américains non hispaniques Amérindiens, non-hispaniques Natifs de l’Alaska Natifs de l’Alaska, ou race / origine ethnique multiple ou inconnue pour comparaison avec les rapports nationaux américains sur les facteurs de risque épidémiologiques de la tuberculose Le site de la maladie a été assigné selon la classification standard de surveillance [23] Un cas était de Amendé comme exclusivement pulmonaire si le site majeur de la maladie était pulmonaire et qu’aucun site supplémentaire de la maladie n’était spécifié et extrapulmonaire si le site majeur de la maladie n’était pas pulmonaire ou miliaire et si un site supplémentaire de la maladie n’était pas spécifié ou spécifié Les cas pulmonaires ou miliaires étaient considérés comme une tuberculose pulmonaire extrapulmonaire s’il y avait une combinaison de sites pulmonaires et extrapulmonaires spécifiés comme sites majeurs et supplémentaires ou si le site majeur de la maladie était enregistré comme miliaire. Pour chacune des 4 lignées phylogénétiques tuberculose, les proportions de cas exclusivement la tuberculose extrapulmonaire ou la tuberculose extrapulmonarypulmonary ont été calculés Ils ont été comparés à l’aide la statistique de Pearson Nous avons utilisé la régression logistique pour estimer l’association entre la lignée M de la tuberculose et exclusivement la tuberculose extrapulmonaire par rapport à exclusivement la tuberculose pulmonaire Nous avons utilisé 95% des intervalles de confiance CIs pour évaluer sig Nous avons contrôlé les variables suivantes associées à la tuberculose extrapulmonaire: sexe, âge, statut sérologique VIH, race / origine ethnique et région de naissance La région de naissance a été attribuée conformément à la désignation régionale de l’Organisation mondiale de la santé [26] Pour évaluer la modification potentielle de l’association entre la lignée et la tuberculose exclusivement extrapulmonaire par rapport à la tuberculose exclusivement pulmonaire, nous avons effectué des analyses stratifiées par région de naissance et par race / appartenance ethnique [27] colinéarité potentielle de variables indépendantes dans le modèle, y compris race / ethnicité, région de naissance et lignage, en calculant les indices de condition et les proportions de décomposition de la variance [28, 29] Nous avons analysé un second modèle comparant les caractéristiques des cas de tuberculose extrapulmonaire tuberculeuse pulmonaire cas de tuberculose

RÉSULTATS

Population de cas de tuberculose

De 2004 à 2008, 69027 cas de tuberculose ont été signalés aux États-Unis et à Porto Rico par le Système national de surveillance de la tuberculose de la CDC. Parmi ces cas, 53972 782% étaient positifs pour la culture. 39216 804% des 48792 cas de tuberculose exclusivement pulmonaire, 9530 672% des 14172 cas de tuberculose extrapulmonaire exclusive et 5210 864% des 6033 cas de tuberculose pulmonaire extrapulmonaire étaient positifs pour la culture. Le site de la maladie n’a pas été spécifié pour 30 cas. Parmi les 53972 cas positifs pour la culture, 33554 622% incluaient des informations génotypiques MIRU- VNTR, spoligotype, ou les deuxLa proportion de cas positifs pour la culture qui ont été génotypés a augmenté avec le temps, avec 5713 499% de 11441 génotypés en 2004 et 7021 694% de 10120 génotypés en 2008 Les cas avec et sans génotype étaient similaires. au site de la maladie: Parmi 33554 cas avec information, 24711 736% étaient exclusivement pulmonaires, 5483 163% étaient extrapul monary et 3348 100% étaient une tuberculose extrapulmonaire pulmonaire alors que parmi les 20418 cas sans information, 14505 710% étaient exclusivement pulmonaires, 4047 198% étaient extrapulmonaires et 1862 91% étaient tuberculeuxpulmonaires extrapulmonaires. Les cas positifs pour la culture avec et ceux sans information génotypique étaient également similaires par patient Nous avons analysé 32 000 cas de tuberculose confirmée par culture M tuberculosis avec des informations complètes sur le site de la maladie et sur la lignée M tuberculosis. les règles décrites par Kato-Maeda et al [24] pour 993% des souches 31784 de 32000 des cas analysés, 23844 745% étaient exclusivement des tuberculoses pulmonaires, 5085 159% étaient exclusivement des tuberculoses extrapulmonaires et 3071 96% étaient des tuberculoses pulmonaires extrapulmonaires, y compris des tuberculoses miliaires M lignée tuberculeuse et caractéristiques du patient, selon le site de la maladie, sont montrés dans le tableau 1

Tableau 1Mycobacterium tuberculosis Lignée et caractéristiques des patients, selon le site de tuberculose Site de tuberculose, Patients, No% Lignée et caractéristiques des patients Exclusivement EP Exclusivement P EPP Total Lignée Asiatique de l’Est 561 130 3336 776 405 94 4302 Euro-Américain 2954 138 16 401 764 2104 98 21 459 Indo-Océanique 1102 226 3343 686 428 88 4873 Indien de l’Afrique de l’Est 468 343 764 559 134 98 1366 Âge, années 0-4 54 166 191 588 80 246 325 5-14 68 244 178 638 33 118 279 15-24 576 148 3002 770 323 83 3901 25-44 1959 177 7947 716 1190 107 11 096 45-64 1359 140 7490 769 886 91 9735 ≥65 1069 160 5035 756 558 84 6662 Sexa Femme 2531 214 8253 697 1051 89 11 835 Masculin 2553 127 15 587 773 2018 100 20 158 Infection à VIH Négative 2703 151 13 686 765 1491 83 17 880 Positif 308 143 1330 618 515 239 2153 Inconnu 2074 173 8828 738 1065 89 11 967 Région de naissance Afrique 356 246 903 623 191 132 1450 Amériques 2481 119 16 280 784 2012 97 20 773 Méditerranée orientale 386 391 515 522 86 87 987 Europe 98 151 490 756 60 93 648 Asie du Sud-Est 668 335 1149 576 179 90 1996 Pacifique occidental 1063 176 4433 736 530 88 6026 Inconnu 33 275 74 617 13 108 120 Race / origine ethnique Hispanique 972 117 6478 779 871 105 8321 Indien d’Amérique 69 147 353 750 49 104 471 Asiatique 1759 213 5762 699 726 88 8247 Noir 1554 178 6205 710 976 112 8735 Natif Hawaïen 39 238 95 579 30 183 164 Blanc 639 109 4823 823 399 68 5861 Multiple / inconnu 53 264 128 637 20 100 201 Total 5085 159 23 844 745 3071 96 32 000 Site de la tuberculose, Patients, No% Lignée et caractéristiques du patient Exclusivement EP Exclusivement P EPP Total Lignée Asiatique de l’Est 561 130 3336 776 405 94 4302 Euro-Américain 2954 138 16 401 764 2104 98 21 459 Indo-Océanique 1102 226 3343 686 428 88 4873 Indien de l’Afrique de l’Est 468 343 764 559 134 98 1366 Âge, années 0-4 54 166 191 588 80 246 325 5-14 68 244 178 638 33 118 279 15-24 576 148 3002 770 323 83 3901 25-44 1959 177 7947 716 1190 107 11 096 45-64 1359 140 7490 769 886 91 9735 ≥65 1069 160 5035 756 558 84 6662 Sexa Femme 2531 214 8253 697 1051 89 11 835 Masculin 2553 127 15 587 773 2018 100 20 158 Infection à VIH Négatif 2703 151 13 686 765 1491 83 1 7 880 Positif 308 143 1330 618 515 239 2153 Inconnu 2074 173 8828 738 1065 89 11 967 Région de naissance Afrique 356 246 903 623 191 132 1450 Amériques 2481 119 16 280 784 2012 97 20 773 Méditerranée orientale 386 391 515 522 86 87 987 Europe 98 151 490 756 60 93 648 Asie du Sud-Est 668 335 1149 576 179 90 1996 Pacifique occidental 1063 176 4433 736 530 88 6026 Inconnu 33 275 74 617 13 108 120 Race / origine ethnique Hispanique 972 117 6478 779 871 105 8321 Amérindienne 69 147 353 750 49 104 471 Asiatique 1759 213 5762 699 726 88 8247 Noir 1554 178 6205 710 976 112 8735 Natif Hawaïen 39 238 95 579 30 183 164 Blanc 639 109 4823 823 399 68 5861 Multiple / inconnu 53 264 128 637 20 100 201 Total 5085 159 23 844 74 5 3071 96 32 000 Abréviations: EP, extrapulmonaire; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; P, pulmonaryaIl y avait 2 patients avec l’âge unspecified et 7 avec le sexe non spécifiéViewLe grand pourcentage de cas qui étaient exclusivement extrapulmonary ont différé pour les 4 lignées phylogénétiques de M tuberculosis: Asie de l’Est, 130%; Euro-Américain, 138%; Indo-océanique, 226%; et Afrique de l’Est, Indien 343% P & lt; 001 En revanche, le pourcentage de cas de tuberculose pulmonaire extrapulmonaire ne différait pas significativement selon la lignée: Asie de l’Est, 94%, Euro-Américain, 98%, Indo-Océanique, 88%; et Indien de l’Afrique de l’Est, 98% P = 17 Comparativement aux cas de lignée est-asiatique, la tuberculose extrapulmonaire exclusive était plus fréquente dans les cas avec un odds ratio euro-américain [OR], 11; IC à 95%, 10-12, OR indo-océanique, 20; IC à 95%, 18-22, et Indiens d’Afrique de l’Est OU, 36; IC 95%, 31-42 lignées Les chances de tuberculose extrapulmonaire sont restées accrues pour les OR ajustés euro-américains [aOR], 13; IC à 95%, 11-14, AOR indo-océanique, 17; IC à 95%, 15-19 ans et AOR de l’Afrique de l’Est, 16; IC 95%, 14-19 lignées, ajustées en fonction de l’âge, du sexe, du statut sérologique VIH, de la race / ethnie et de la région de naissance Tableau 2

Tableau 2Associations entre la lignée Mycobacterium tuberculosis, les variables de contrôle et le site de tuberculose Exclusivement EP vs exclusivement Pa n = 28 929 EPP vs Exclusivement Pa n = 26 915 Patients variables, Non% aOR Patients IC 95%, Non% aOR 95% CI Lineage Asie de l’Est 3897 135 Référent 3741139 Référent Euro-Américain 19 355 669 13 11-14 18 505 688 10 9-12 Indo-Océanique 4445 154 17 15-19 3771 140 11 9-13 Indien de l’Est Africain 1232 43 16 14-19 898 33 11 9 -14 Âge, annéesb 0-4 245 08 15 11-21 271 10 34 26-45 5-14 246 09 13 9-17 211 08 13 9-19 15-24 3578 124 07 6-8 3325 124 08 7-9 25-44 9906 342 Référent 9137 339 Référent 45-64 8849 306 09 8-10 8376 311 09 8-10 ≥65 6104 211 10 9-11 5593 208 10 9-11 Sexb Femme 10 784 373 17 16-18 9 304 346 10 9-11 Homme 18 140 627 Référent 17 605 654 Infection par le VIH référent Négatif 16 389 567 Référent 15 177 564 Référent Positif 1638 57 13 11-15 1845 69 35 31-39 Inconnu 10 902 377 12 11-12 9893 368 11 10-12 Région de naissance Afrique 1259 44 19 17-22 1094 41 13 11-16 Amériques 18 761 649 Référent 18 292 680 Référent Méditerranée orientale 901 31 42 36-49 601 22 15 12-20 Europe 588 20 16 12-20 550 20 16 12-21 Asie du Sud-Est 1817 63 40 32-49 1328 49 14 11-19 Pacifique occidental 5496 190 16 13-20 4963 184 11 8-14 Inconnu 107 04 28 19-43 87 032 14 8-25 Race / origine ethnique Hispanique 7450 258 13 12-15 7349 273 16 14-19 Indien d’Amérique 422 15 17 13-22 402 15 19 14-26 Asiatique 7521 260 11 9 13 6488 241 14 11-19 Noir 7759 268 17 15-19 7181 267 16 14-18 Hawaïen natif 134 05 23 15-34 125 05 39 24-63 Blanc 5462 189 Référent 5222 194 Référencé Multiple / inconnu 181 06 20 14-29 148 05 17 10-27 Exclusivement EP vs Exclusivement Pa n = 28 929 EPP vs Exclusivement Pa n = 26 915 Patients Variable, Non% aOR Patients IC 95%, Non% aOR 95% CI Lignée Asiatique de l’Est 3897 135 Référent 3741139 Référent Euro- Américain 19 355 669 13 11-14 18 505 688 10 9-12 Indo-Océanique 4445 154 17 15-19 3771 140 11 9-13 Indien d’Afrique de l’Est 1232 43 16 14-19 898 33 11 9-14 Âge, ansb 0 -4 245 08 15 11-21 271 10 34 26-45 5-14 246 09 13 9-17 211 08 13 9-19 15-24 3578 124 07 6-8 3325 124 08 7-9 25-44 9906 342 Référent 9137 339 Référent 45-64 8849 306 09 8-10 8376 311 09 8-10 ≥65 6104 211 10 9-11 5593 208 10 9-11 Sexb Femme 10 784 373 17 16-18 9304 346 10 9-11 Homme 18 140 627 Référent 17 605 654 Infection par le VIH référent Négatif 16 389 567 Référent 15 177 564 Référent Positif 1638 57 13 11-15 1845 69 35 31-39 Inconnu 10 902 377 12 11-12 9893 368 11 10-12 Région de naissance Afrique 1259 44 19 17- 22 1094 41 13 11-16 Amériques 18 761 649 Référent 18 292 680 Référent Méditerranée orientale 901 31 42 36-49 601 22 15 12-20 Europe 588 20 16 12-20 550 20 16 12-21 Asie du Sud-Est 1817 63 40 32- 49 1328 49 14 11-19 Pacifique occidental 5496 190 16 13-20 4963 184 11 8-14 Inconnu 107 04 28 19-43 87 032 14 8-25 Race / ethnie ville Hispanique 7450 258 13 12-15 7349 273 16 14-19 Indien d’Amérique 422 15 17 13-22 402 15 19 14-26 Asiatique 7521 260 11 9-13 6488 241 14 11-19 Noir 7759 268 17 15-19 7181 267 16 14-18 Hawaïen natif 134 05 23 15-34 125 05 39 24-63 Blanc 5462 189 Référent 5222 194 Référencé Multiple / inconnu 181 06 20 14-29 148 05 17 10-27 Abréviations: aOR, odds ratio ajusté; CI, intervalle de confiance; EP, extrapulmonaire; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; P, pulmonaryaReferencebPatients sans âge spécifié n = 2 ou sexe n = 7 ont été exclus de l’analyseVue Comparée à la tuberculose exclusivement pulmonaire, il n’y avait pas d’association entre tuberculose extrapulmonaire pulmonaire et lignée pour contrôler la région, la race / ethnie, le sexe, l’âge et le VIH statut d’infection AOR indienne d’Afrique de l’Est, 11 [IC 95%, 9-14]; AOR euro-américaine, 10 [IC 95%, 9-12]; et ORA indo-océanique, 11 [95% CI, 9-13] Relativement à la tuberculose exclusivement pulmonaire, l’infection par le VIH et le jeune âge étaient plus étroitement associés à la tuberculose pulmonaire extrapulmonaire aOR, 35 [IC 95%, 31-39] et 34 [95 % CI, 26-45], respectivement qu’avec la tuberculose exclusivement extrapulmonaire aOR, 13 [IC 95%, 11-15] et 15 [IC 95%, 11-21], respectivement Tableau 2Les 2 lignées avec les plus hautes probabilités d’exclusion extrapulmonaire tuberculose, Indien de l’Est africain et Indo-Océanique, étaient prévalents chez les personnes nées en Asie du Sud-Est respectivement 322% et 323% des cas, la Méditerranée orientale 365% et 204%, et le Pacifique occidental 501% des cas étaient de la lignée indo-océanique

Analyse stratifiée parmi les cas nés aux États-Unis

Pour évaluer la possibilité que l’association observée entre la tuberculose extrapulmonaire exclusive et la lignée soit due à un facteur lié à la région de naissance et non à la souche de la tuberculose en soi, l’analyse a été limitée aux personnes nées aux États-Unis. L’association entre la lignée et la tuberculose exclusivement extrapulmonaire chez les personnes nées aux États-Unis est restée similaire à l’analyse globale de la population. Tableau 3 Comparées à la lignée d’Asie de l’Est, les chances ajustées de tuberculose exclusivement extrapulmonaire étaient 12 IC à 95%, 10-14 pour la lignée euro-américaine, 17 IC à 95%, 13-23 pour l’Indo-Océanique, et 23 IC à 95%, 13-41 pour l’Indien d’Afrique de l’Est

Tableau 3Odds de la tuberculose extrapulmonaire exclusive versus la tuberculose exclusivement pulmonaire chez 12 592 personnes nées aux États-Unis, par quotient de lignage 95% Patients de lignée CI, non% Ajustés Asie de l’Est 1412 112 Référence Référence Euro-américaine 10 682 848 13 11-15 12 10 -14 Indo-Océanique 425 34 18 14-25 17 13-23 Indien de l’Est Africain 73 06 25 14-44 23 13-41 Rapport des chances 95% Patients de la lignée CI, Non% Ajustés Ajust Asie de l’Est 1412 112 Référence Référence Euro-Américain 10 682 848 13 11-15 12 10-14 Indo-Océanique 425 34 18 14-25 17 13-23 Indien d’Afrique de l’Est 73 06 25 14-44 23 13-41 Abréviation: IC, intervalle de confianceaAjusté pour la race / ethnicité, humain statut de l’infection par le virus de l’immunodéficience, âge et sexe Les patients sans sexe spécifié n = 3 ou l’âge n = 1 n’ont pas été inclus dans l’analyseView Large

Analyse stratifiée par région de naissance et par race / origine ethnique

Figure 2 L’association de la lignée avec tuberculose exclusivement extrapulmonaire à la tuberculose exclusivement pulmonaire a été déterminée en tenant compte du sexe, du statut sérologique, de l’âge, et soit race / ethnicité pour l’analyse stratifiée par région ou région pour l’analyse stratifiée par race / ethnicité Il y avait trop peu de cas pour effectuer des analyses stratifiées significatives pour l’Europe en tant que région ou pour Indiens ou Native Amérindiens race / ethnicité Dans toutes les analyses stratifiées, La lignée est-asiatique, les lignées indo-américaines, indo-océaniques et indiennes d’Afrique de l’Est ont continué à être associées à la tuberculose exclusivement extrapulmonaire par rapport à la tuberculose exclusivement pulmonaire, bien que toutes les associations ne soient pas restées significatives

Figure 1View largeDownload slideAssociation entre lignée et tuberculose exclusivement extrapulmonaire versus tuberculose exclusivement pulmonaire, par rapport à la lignée est-asiatique, stratifiée par région de naissance n = 28 929 Analyse contrôlée pour l’âge, le sexe, le statut infectieux du virus de l’immunodéficience humaine et la race / ethnicité Comparaison entre la lignée et la tuberculose exclusivement extrapulmonaire versus la tuberculose exclusivement pulmonaire, par rapport à la lignée est-asiatique, stratifiée par région de naissance n = 28 929 Analyse contrôlée pour l’âge, le sexe, le statut infectieux du virus de l’immunodéficience humaine et la race / origine ethnique

Figure 2Voir grand DiapositiveAssociation entre lignée et tuberculose exclusivement extrapulmonaire versus tuberculose exclusivement pulmonaire, par rapport à la lignée est-asiatique, stratifiée par race / ethnicité n = 28 929 Analyse contrôlée par âge, sexe, statut d’infection par le virus de l’immunodéficience humaine et région de naissance Comparaison entre la lignée et la tuberculose exclusivement extrapulmonaire versus la tuberculose exclusivement pulmonaire, par rapport à la lignée est-asiatique, stratifiée par race / origine ethnique n = 28 929 Analyse contrôlée pour l’âge, le sexe, le statut infectieux du virus de l’immunodéficience humaine et la région de naissance

DISCUSSION

La tuberculose pulmonaire étant la forme infectieuse de la maladie, notre constatation selon laquelle les patients infectés par la famille de Beijing sont plus fréquemment atteints d’une maladie pulmonaire serait compatible avec la tuberculose pulmonaire et la tuberculose multirésistante. En outre, la conclusion que les lignées diffèrent dans leur association relative avec la tuberculose pulmonaire facilement transmissible, suggère que l’avantage sélectif de la transmission pourrait être un facteur de propagation réussie des populations clonales de M. Dans notre analyse, en ce qui concerne la lignée, la tuberculose pulmonaire extrapulmonaire était similaire à la tuberculose exclusivement pulmonaire, sans association observée entre la lignée et la tuberculose pulmonaire extrapulmonaire par rapport à la tuberculose exclusivement pulmonaire. Cette découverte était inattendue Étant donné que tuberculose s est principalement une maladie pulmonaire, on pourrait supposer que la tuberculose caractérisée par une maladie extrapulmonaire, c’est-à-dire une tuberculose extrapulmonaire pulmonaire ou une tuberculose exclusivement extrapulmonaire, serait catégoriquement similaire. De plus, si des facteurs pathogènes jouent un rôle dans l’établissement de la maladie. Au lieu de cela, nos résultats suggèrent que, en ce qui concerne l’agent pathogène, la dichotomie primaire dans le site de la maladie se situe entre une maladie qui est exclusivement extrapulmonaire et une maladie qui n’est pas une maladie extrapulmonaire. Nous avons trouvé que l’association entre l’infection par le VIH et la maladie extrapulmonaire était plus marquée pour la tuberculose extrapulmonaire associée à la tuberculose pulmonaire, c’est-à-dire la tuberculose pulmonaire extrapulmonaire, y compris la maladie miliaire [4]. être fortement associé tuberculose extrapulmonairepulmonaire L’infection à VIH et le jeune âge sont associés à une diminution de la fonction immunitaire contre la tuberculose [31, 32] Une hypothèse qui mérite d’être explorée est que les facteurs pathogènes, tels que la lignée et les facteurs de l’hôte. le site de la maladie exclusivement extrapulmonaire ou non contre la dissémination de la maladieCette étude était limitée aux cas positifs pour la culture avec des informations génotypiques disponibles Le génotypage aux Etats-Unis est volontaire et a été étendu pendant la période de cette étude. Cependant, comme la lignée M tuberculosis est inconnue avant le génotypage et ne peut donc influencer la décision d’effectuer le génotypage, une couverture inférieure à la couverture universelle ne devrait pas introduire de biais dans l’analyse réalisée. L’assignation de lignage a été faite principalement sur la base du génotypage. de spoligotype, qui est r La comparaison directe récente de l’attribution de lignage par spoligotype versus LSP montre une concordance complète pour les souches qui correspondent à un ensemble défini information sur les médicaments. des règles de classification dans la famille des spoligotypes [24] Nos résultats d’assignation de lignage étaient> 99% cohérents avec ces règles définies; Étant donné que cette étude utilise des données de surveillance, le site de classification de la maladie est basé sur le ou les sites déclarés de la maladie. La classification comme tuberculose exclusivement pulmonaire ou exclusivement tuberculose extrapulmonaire n’indique pas l’exclusion confirmée d’autres sites de la maladie. Pour exclure une classification erronée de la tuberculose extrapulmonaire pulmonaire comme une tuberculose extrapulmonaire exclusive dans le contexte d’un système de surveillance de santé publique, le comportement différent de ces deux groupes dans le modèle étudié s’oppose à un biais important de classification erronée. différentes lignées de tuberculose ont des conséquences cliniques et épidémiologiques La démonstration que les lignages sont associés différemment au site clinique de la maladie fournit un carburant pour des études connexes visant à comprendre si les lignages peuvent également différer avec En outre, des études plus détaillées sur les différences cliniques entre les sous-lignées dans chacune des lignées principales sont justifiées. les résultats pourraient servir de base à une meilleure compréhension de la biologie de la tuberculose et contribuer à une approche plus précise de la lutte antituberculeuse dans le monde, du diagnostic au traitement et à la prévention

Remarques

Remerciements

Nous reconnaissons Thomas Navin, MD, Michael Iademarco, MD, Kevin Cain, MD, et Eugene McCray, MD, Division de l’élimination de la tuberculose, CDC, pour leurs contributions à l’approche analytique et à l’interprétation des résultats; et Smita Ghosh, MS et Steve Kammerer, MBA, Division de l’élimination de la tuberculose, CDC, pour avoir fourni des données sur l’exhaustivité des données de génotypage. Nous remercions le personnel des Laboratoires nationaux de recherche sur le génotypage de la tuberculose et les laboratoires locaux de santé publique. Les résultats et les conclusions de cet article sont ceux des auteurs et ne représentent pas nécessairement les points de vue de la CDC. Les données de routine collectées et utilisées dans ces analyses ont été déterminées comme étant la surveillance de la santé publique et non recherche sur les participants humains nécessitant une surveillance par un comité d’examen institutionnel

Aide financière

Ce travail a été soutenu par le CDC Aucun financement direct n’a été reçu pour cette étude Les auteurs ont été personnellement salariés par la CDC mais aucun salaire spécifique n’a été réservé ou donné pour la rédaction de cet article Aucun organisme de financement n’a joué un rôle dans la conception de l’étude. collecte, analyse, décision de publier ou préparation du manuscrit

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit rapporté Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués