Infection persistante bactérienne à l’interface entre l’hôte et le microbiote

Au rédacteur en chef – L’infection persistante ou chronique est un problème essentiel pour l’interaction pathogène-hôte, la maladie et l’émergence résistante aux antibiotiques. Les porteurs persistants sont préoccupants pour la santé publique car ils représentent les réservoirs de propagation du pathogène «évolué». Marzel et al présentent une étude intéressante pour explorer les causes et les conséquences des patients atteints d’infection persistante Salmonella , bien que des défauts dans les conceptions d’étude et interprétation des résultatsLes auteurs ont montré des mutations génétiques limitées ou des variations de Salmonella pour infection persistante, et des mutations parallèles ont été non identifié entre onze patients Ces résultats «négatifs» sont dus à des facteurs majeurs: la méthode de lecture courte pour le séquençage génomique et l’échantillonnage court entre les souches persistantes. La technique de lecture courte proposée par les auteurs a le pouvoir d’investiguer les polymorphismes mononucléotidiques ou indel, mais il a des limites pour étudier de grandes variations de structure et plasmides Ici, les plasmides jouent un rôle important dans les changements phénotypiques puisque plusieurs événements de gain ou de perte sont observés. Cependant, les informations sur les plasmides sont sous-estimées en utilisant une méthode de lecture courte. facteur limitant Des mutations génétiques établies chez des bactéries persistantes ont généralement été détectées pendant des années, voire des décennies, à détecter En conséquence, une accumulation de variations génétiques a été identifiée principalement pour des souches persistantes avec un intervalle de plusieurs jours Figure En outre, les changements phénotypiques entre les paires Pour chaque patient, aucune aptitude convergente, y compris la formation de biofilms, la motilité, les capacités de réplication dans les macrophages et la compétition in vivo Figure Ces résultats confus contrastent fortement avec les souches phénotypiques et génétiques parallèles. le taux de substitution des bactéries dans l’hôte est d’environ – par an et par s ite , et la forme phénotypique est habituellement requise des années; il n’est donc pas surprenant que ni la mutation de forme ni le phénotype convergent n’aient été observés dans la présente enquête.

Figure Vue grandDownload slideSalmonella enterica sérovar Typhimurium dynamique génétique et phénotypique au cours de l’infection persistante A, Accumulation de mutation génétique, y compris le nombre de polymorphismes mononucléotidiques SNP dans le génome de base, et les variations, comme grand gain ou perte des éléments génomiques sont corrélés avec intervalle En général, l’intervalle d’échantillonnage des patients en quelques jours a moins de changements génétiques que les échantillons des jours d’intervalle sur B. Les résultats sommaires des essais phénotypiques entre les isolats persistants précoces et tardifs pour chaque patient La carte thermique montre les changements phénotypiques entre le début et la fin. isolats, le rouge indique un isolement phénotypique croissant en comparaison avec un isolat précoce, tandis que le vert suggère une diminution de la forme phénotypique en comparaison avec un isolat précoce. La densité de couleur représente si le changement entre la souche persistante précoce et la souche persistante est statistiquement différent * P & lt; ; ** P & lt; ; *** P & lt; Figure Vue grandDownload slideSalmonella enterica sérovar Typhimurium dynamique génétique et phénotypique au cours de l’infection persistante A, Accumulation de mutation génétique, y compris le nombre de polymorphismes mononucléotidiques SNP dans le génome de base, et les variations, comme grand gain ou perte des éléments génomiques sont corrélés avec intervalle En général, l’intervalle d’échantillonnage des patients en quelques jours a moins de changements génétiques que les échantillons des jours d’intervalle sur B. Les résultats sommaires des essais phénotypiques entre les isolats persistants précoces et tardifs pour chaque patient La carte thermique montre les changements phénotypiques entre le début et la fin. isolats, le rouge indique un isolement phénotypique croissant en comparaison avec un isolat précoce, tandis que le vert suggère une diminution de la forme phénotypique en comparaison avec un isolat précoce. La densité de couleur représente si le changement entre la souche persistante précoce et la souche persistante est statistiquement différent * P & lt; ; ** P & lt; ; *** P & lt; Les souris CH / HeNHsd proposées pour l’âge adulte ont un système immunitaire robuste et sont résistantes à l’infection, même par des souches virulentes de Salmonella. Ce modèle ne peut pas ressembler à l’étude actuelle qui met l’accent sur l’allaitement. En outre, le modèle de streptomycine prétraité peut épuiser la capacité de prolifération de Salmonella microbiotique intestinale normale , ce qui réduit la sensibilité dans le modèle actuel En effet, souris sans âge, sans prétraitement antibiotique, est l’apparié modèle d’infection pour l’étude actuelle, bien que les souris plus jeunes infectées par Salmonella conduisent généralement à une infection systémique ou létale due à un microbiote immature Cette information soulève l’attente du rôle du microbiote dans l’établissement d’une infection persistante à Salmonella. pour enquêter sur un patient hétérogène d’une infection persistante, et de nouvelles preuves, y compris une l’intestin traité tibiotique montrant des syndromes de maladie distincts pour les infections à Salmonella, expose le manque de connaissances sur la façon dont le microbiote régule les différentes voies pathologiques, y compris l’infection persistante Ainsi, une meilleure compréhension de l’interaction voie-pathogène-hôte-microbiote éliminer le réservoir de pathogènes chez les patients présentant une infection persistante

Remarques

Subventions de soutien financier: NIH: AI; USDA: -, le Centre vétérinaire de l’Université de Pennsylvanie pour les maladies infectieuses, et le Centre pour les interactions hôte-microbiennesPotentiel conflit d’intérêts Auteur certifie pas de conflits d’intérêts potentiels L’auteur a soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels Conflits d’intérêts que le les éditeurs considèrent pertinent au contenu du manuscrit ont été divulgués