La réaction en chaîne de consensus polymérase entérobactérienne répétitive pour la dactylographie d’Escherichia coli uropathogène n’est pas ce qu’elle semble

À l’éditeur-France et al rapport des études des relations clonales entre Escherichia coli urétogène résistant aux antimicrobiens Esecichia coli en utilisant entérobactérienne répétition consensus intergénique ERIC-PCR et d’autres techniques de typage Auparavant, Manges et al ont rapporté un groupe clonal de groupe apparenté A E coli associé à une infection des voies urinaires Dans une correspondance subséquente, on a discuté de la reproductibilité limitée d’ERIC-PCR Nous avons également étudié l’ERIC-PCR dans le cadre d’une étude des relations entre UPEC dans notre région. E coli K comme témoins dans chaque cycle de PCR Des produits de PCR ont été obtenus à partir de K et d’ATCC; cependant, il y avait beaucoup de variabilité en ce qui concerne les modèles obtenus dans des essais PCR consécutifs effectués par le même opérateur avec le même lot d’ADN matrice, réactifs et thermocycleur. Cette expérience est cohérente avec celles rapportées dans la correspondance récente et par Meacham. et al Cela nous a incité à revoir la base de ERIC-PCR typingERIC séquences sont hautement conservées -base paire bp régions non codantes qui sont répétées plusieurs fois à travers le génome bactérien L’emplacement des séquences ERIC varie de souche à souche En , Versalovic et al ont signalé le typage ERIC-PCR Cette méthode est basée sur l’hypothèse que des oligonucléotides complémentaires s’hybrideront à des séquences ERIC et que l’ADN entre les séquences ERIC peut être amplifié, à condition que l’intervalle entre les séquences ERIC soit & lt; Étant donné qu’il existe plusieurs séquences ERIC, il existe un potentiel d’amplification de plusieurs produits PCR. La variation du nombre et de la localisation des séquences ERIC entre souches non apparentées d’E. coli devrait entraîner des différences entre les souches et le nombre de produits PCR. le nombre et la taille des produits de PCR entraînent des différences dans les profils de bandes lorsque les produits sont séparés par électrophorèse. Le site Web de l’Institut Pasteur indique qu’il existe des séquences ERIC dans le génome E coli K séquencé. Il ressort de cette séquence, qui n’était pas disponible en, que le plus petit intervalle entre les séquences ERIC dans E coli K est, bp Cet intervalle est bien au-delà de la plage d’amplification de la PCR conventionnelle et bien supérieure à la taille des produits identifiés sur ERIC- Gels PCR Nous croyons que la base théorique pour ERIC-PCR, qui est devenue importante dans l’étude des relations clonales pari UPEC, est imparfait Étant donné l’intervalle entre les séquences ERIC, au mieux, on peut anticiper qu’une des amorces liées à chaque produit généré dans un cycle ERIC-PCR s’hybride à une séquence ERIC, avec une autre copie de l’amorce à un recuit partiel L’ECP-PCR peut être considérée comme une variante de l’amplification aléatoire de l’ADN-PCR polymorphe, qui manque également de reproductibilité incident. La base imparfaite de l’ERIC-PCR explique le manque de reproductibilité de la technique et ajoute une emphase aux appels à la prudence dans l’interprétation des résultats basés sur cette méthode

Remerciements

Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: pas de conflits